O PCO é um partido democrático e centralizado (saiba mais). Sua instância máxima de comando é o Congresso Partidário, que ocorre anualmente, com delegados eleitos na base da militância Partidária. Este Congresso elege um Comitê Central, o órgão máximo quando o Congresso não está reunido. O Comitê Central Nacional, que tem membros de todas as regiões do País, se reúne uma vez ao mês. Este Comitê Central elege uma Comissão Executiva (CE), que é um grupo menor que se reúne semanalmente para tomar as decisões do dia a dia. Entre uma reunião e outra da CE, em casos urgentes, o Presidente do Partido é o encarregado. Esta é a estrutura de tomada de decisões nacional do PCO.
Podem ocorrer também Conferências e Plenárias, que são reuniões nacionais como o congresso, mas não elegem direção e nem tem o poder de mudar o Estatuto ou Programa do PCO. Em geral discutem temas de organização do cotidiano e a política para o momento.
Os militantes de base se organizam em células, que são agrupamentos de militantes que podem ir de 3 a 12 membros, reunindo-se semanalmente (saiba mais). Estas Células são coordenadas por um Comitê Municipal ou Estadual, compostos por representantes destas células, que ajudam a dar coesão ao trabalho de várias células em um determinado local geográfico. Estes, por sua vez, são coordenados por um Comitê Regional, que cuida de mais de um Estado. Os comitês regionais tem reuniões semanais com a direção nacional para fortalecer a coesão e unidade da atividade partidária.
